Doanh nghiệp chế xuất được đối xử như khu phi thuế quan, nên hàng hoá họ bán vào thị trường trong nước được xử lý như hàng nhập khẩu: phía doanh nghiệp chế xuất làm thủ tục xuất, còn bên mua trong nước khai tờ khai nhập khẩu và nộp thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu, cùng thuế tiêu thụ đặc biệt, bảo vệ môi trường nếu hàng thuộc diện chịu. Hàng cũng phải đáp ứng chính sách quản lý nhập khẩu như hàng từ nước ngoài.
Nhiều doanh nghiệp nội địa mua hàng của doanh nghiệp chế xuất trong cùng khu công nghiệp tưởng đó là mua bán trong nước bình thường, chỉ cần hoá đơn là xong. Thực tế thì lô hàng phải qua thủ tục hải quan, và bên mua là người nộp thuế. Bỏ qua bước này là nhập khẩu không khai báo.
Vì sao hàng đi vài trăm mét mà vẫn là nhập khẩu
Doanh nghiệp chế xuất được hưởng chế độ khu phi thuế quan: hàng từ nước ngoài đưa vào không chịu thuế nhập khẩu, hàng đưa ra nước ngoài không chịu thuế xuất khẩu. Đổi lại, ranh giới giữa doanh nghiệp chế xuất và phần còn lại của Việt Nam được coi như biên giới hải quan. Hàng đi qua ranh giới đó theo chiều nào thì chịu thủ tục của chiều đó:
- Từ doanh nghiệp chế xuất vào nội địa: nhập khẩu đối với bên nội địa.
- Từ nội địa vào doanh nghiệp chế xuất: xuất khẩu đối với bên nội địa, được áp thuế giá trị gia tăng 0% khi đủ điều kiện.
Khoảng cách địa lý không quan trọng. Hai nhà máy chung tường rào vẫn phải làm tờ khai.
Ai khai, ai nộp: thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ
| Bên | Việc phải làm |
|---|---|
| Doanh nghiệp chế xuất (bên bán) | Khai tờ khai xuất khẩu; lập hoá đơn theo quy định; theo dõi hàng xuất ra khỏi doanh nghiệp |
| Doanh nghiệp nội địa (bên mua) | Khai tờ khai nhập khẩu; kê khai mã HS, trị giá, xuất xứ; nộp thuế; đáp ứng kiểm tra chuyên ngành nếu có |
Thủ tục này thường được làm theo hình thức xuất nhập khẩu tại chỗ: hàng không phải đi qua cửa khẩu, hai tờ khai được liên kết với nhau. Trình tự, thời điểm giao hàng và cách hai bên phối hợp cần tra văn bản hướng dẫn thủ tục hải quan hiện hành.
Bên mua nên thống nhất trước với bên bán: ai cung cấp thông tin gì (mã HS, bảng kê, xuất xứ, tài liệu kỹ thuật), khi nào giao hàng thì được coi là đã hoàn tất thủ tục. Nhận hàng về kho trước khi tờ khai nhập được thông quan là rủi ro của bên mua.
Thuế nhập khẩu tính thế nào
Hàng từ doanh nghiệp chế xuất vào nội địa được tính thuế như hàng nhập khẩu, theo mã HS của hàng tại thời điểm nhập — thường là thành phẩm, không phải nguyên liệu cấu thành. Một số điểm riêng:
- Thuế suất: áp mức MFN theo mã HS. Nếu hàng đáp ứng quy tắc xuất xứ của một hiệp định có cơ chế cho hàng từ khu phi thuế quan của Việt Nam nhập vào thị trường trong nước, có thể xét mức ưu đãi đặc biệt; điều kiện cụ thể tra trong nghị định biểu thuế của hiệp định đó.
- Hàng làm từ nguyên liệu trong nước: Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu có quy định miễn thuế nhập khẩu cho hàng sản xuất, gia công trong khu phi thuế quan không sử dụng nguyên liệu, linh kiện nhập khẩu từ nước ngoài khi đưa vào thị trường trong nước.
- Hàng có dùng nguyên liệu nhập khẩu: luật có cách xử lý riêng gắn với phần nguyên liệu, linh kiện nhập khẩu cấu thành trong hàng. Cách áp dụng cho từng trường hợp cần tra văn bản hướng dẫn và hỏi cơ quan hải quan trước khi ký hợp đồng lớn.
Vì cách tính có nhiều nhánh, bên mua nên yêu cầu bên bán cung cấp thông tin về cơ cấu nguyên liệu nếu định đề nghị áp các quy định riêng này.
Thuế giá trị gia tăng và các thuế khác
Bên mua nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu tính trên trị giá tính thuế cộng thuế nhập khẩu và các thuế khác nếu có, theo mức áp cho mặt hàng trong Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15. Chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu là căn cứ để bên mua khấu trừ theo quy định, giống như hàng nhập từ nước ngoài.
Nếu hàng thuộc diện chịu thuế tiêu thụ đặc biệt hoặc thuế bảo vệ môi trường, bên mua kê khai tại khâu nhập khẩu. Hàng đang bị áp thuế phòng vệ thương mại theo nước xuất xứ thì cần xem hàng từ doanh nghiệp chế xuất có xuất xứ ở đâu theo quy tắc xuất xứ, không mặc nhiên là Việt Nam.
Về phía doanh nghiệp chế xuất, doanh thu bán vào nội địa là doanh thu của doanh nghiệp, tính vào thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp. Ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, nếu có, gắn với điều kiện của từng dự án; nên kiểm tra phần doanh thu bán nội địa có thuộc phạm vi ưu đãi không.
Trị giá khi hai bên là công ty liên kết
Rất nhiều doanh nghiệp chế xuất là công ty con của tập đoàn nước ngoài, bán hàng cho một công ty liên kết trong nước — công ty thương mại của cùng tập đoàn, hoặc nhà máy khác cùng chủ. Khi đó trị giá khai trên tờ khai nhập bị xem xét ở hai góc:
- Trị giá hải quan: quan hệ đặc biệt giữa bên mua và bên bán không được ảnh hưởng tới giá. Bên mua cần sẵn sàng giải trình cách định giá.
- Giao dịch liên kết cho mục đích thuế thu nhập doanh nghiệp: giá bán giữa các bên liên kết phải theo nguyên tắc giao dịch độc lập. Quy định về quản lý thuế giao dịch liên kết được thay mới từ 1/7/2026 với Nghị định 255/2026/NĐ-CP.
Hai góc nhìn dùng hai bộ tiêu chí khác nhau, nhưng số liệu phải nhất quán. Giá bán vào nội địa thấp để giảm thuế nhập khẩu cho bên mua, nhưng lại làm lợi nhuận doanh nghiệp chế xuất thấp bất thường, sẽ bị hỏi ở cả hai phía.
Phế liệu, tài sản thanh lý và những việc phía doanh nghiệp chế xuất phải làm
Không chỉ thành phẩm, những thứ sau khi đi từ doanh nghiệp chế xuất ra nội địa cũng theo cơ chế nhập khẩu:
- Phế liệu, phế phẩm bán cho cơ sở thu mua trong nước: bên mua khai nhập, nộp thuế theo quy định với phế liệu; phế liệu phải đáp ứng yêu cầu về môi trường.
- Máy móc, thiết bị thanh lý bán cho doanh nghiệp nội địa: làm thủ tục như nhập khẩu hàng đã qua sử dụng, với chính sách quản lý tương ứng.
- Hàng mẫu, hàng tặng cho đối tác trong nước.
Phía doanh nghiệp chế xuất cần: bảo đảm hoạt động bán vào nội địa nằm trong phạm vi được phép theo đăng ký đầu tư; nếu có hoạt động mua bán hàng hoá, thực hiện hạch toán riêng theo quy định; theo dõi nhập, xuất, tồn và báo cáo quyết toán với hải quan; lập hoá đơn theo quy định về hoá đơn điện tử.
Chỗ tự kiểm tra cho bên mua trong nước
- Xác nhận bên bán là doanh nghiệp chế xuất: hỏi thẳng và xem giấy chứng nhận đăng ký đầu tư; tra thông tin doanh nghiệp trên trang tra cứu thông tin người nộp thuế.
- Tra mã HS, thuế suất, chính sách quản lý của hàng trên phần tra cứu biểu thuế của cổng thông tin điện tử hải quan, như với hàng nhập từ nước ngoài.
- Kiểm tra tờ khai nhập đã thông quan trước khi đưa hàng vào sử dụng, qua hệ thống khai hải quan điện tử.
- Lưu chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu để khấu trừ, và đối chiếu trên tài khoản thuế điện tử.
Với giao dịch lặp lại, lập một quy trình chung giữa hai bên và hỏi chi cục hải quan quản lý doanh nghiệp chế xuất về các điểm chưa rõ ngay từ lô đầu tiên.
Câu hỏi thường gặp
Mua hàng của doanh nghiệp chế xuất chỉ có hoá đơn, không có tờ khai thì sao?
Lô hàng đó thiếu thủ tục nhập khẩu, bên mua có thể bị coi là nhập khẩu không khai báo và phải xử lý hậu quả. Nên dừng lại, trao đổi với bên bán và cơ quan hải quan để làm đúng thủ tục trước khi đưa hàng vào sử dụng.
Doanh nghiệp nội địa bán nguyên liệu cho doanh nghiệp chế xuất có được thuế giá trị gia tăng 0% không?
Có thể được, vì đây là bán vào khu phi thuế quan, khi đáp ứng điều kiện về hợp đồng, thanh toán không dùng tiền mặt và tờ khai hải quan xuất khẩu tương ứng.
Doanh nghiệp chế xuất có tự nộp thuế nhập khẩu thay bên mua được không?
Người nộp thuế nhập khẩu là bên nhập khẩu, tức bên mua trong nước đứng tên trên tờ khai nhập. Hai bên có thể thoả thuận ai chịu chi phí thuế trong giá bán, nhưng nghĩa vụ khai và nộp vẫn gắn với tờ khai của bên mua.
Hàng từ doanh nghiệp chế xuất có được coi là hàng Việt Nam không?
Xuất xứ được xác định theo quy tắc xuất xứ, không theo địa điểm nhà máy. Hàng được sản xuất đủ sâu tại doanh nghiệp chế xuất có thể có xuất xứ Việt Nam; hàng chỉ đóng gói lại thì vẫn mang xuất xứ nước sản xuất.
Phế liệu của doanh nghiệp chế xuất bán cho cơ sở thu mua nhỏ có cần tờ khai không?
Cần. Phế liệu đi từ doanh nghiệp chế xuất ra nội địa cũng là hàng nhập khẩu đối với bên mua, phải khai báo, nộp thuế theo quy định và đáp ứng yêu cầu về môi trường.
